当前，国务院部署加快发展现代职业教育，提出要引导一批普通本科高校向应用技术型高校转型。福建地方本科高校在转型中，要充分利用高职资源，让有条件的国家示范高职院校和国家骨干高职院校独立升格，或让高职与本科高校合并转为应用技术型本科高校，从而让高职资源发挥更大作用。
福建师专升格的本科院校较多，应用型转型难度大，让地方本科高校与高职合并转型为应用型本科，其转型的成本较低、转型的成功率较高。应用技术型大学与学术型大学在人才培养模式、学校实训条件、师资队伍等方面差别很大。在人才培养模式上，需要淡化学科，强化专业，要改革理论课与实践课比例。在实训方面，验证性实验、技能实训、创新性设计、企业项目实操都要有一定比例。在学校教学设备设施上，不但要有研究型验证性设备，还要有现代企业实用的实训设备，要增添学生实训设备，用于培养学生的应用能力。最难的是师资，福建地方本科高校很多是师专升格的，师资大都属于学术型人才而非应用型人才，多少年培养成的学术型人才，已经有思维定式，突然要向“双师型”转型，其难度相当大，短时间转型是达不到要求的。而国家级示范性高职院校和骨干高职院校改革了六七年，近几年每所高校在实训设备设施上投入较多，建立校中厂和厂中校，聘请企业兼职教师教学，在校企合作方面有一定经验。地方本科高校与高职合并转型为应用型本科，两校设备可以相互弥补，可以降低转型成本。另外，师资转型是需要一段较长的时间的。因此地方本科高校与高职合并转型为应用型本科，可以使双师结构得到优化，既有学术型人才又有应用型人才的团队，更容易攻克企业委托的课题，服务社会。地方本科高校与高职携手将使地方本科高校的转型更加平稳。
福建本科高校满足不了学生提升学历层次的需要，让高职院校升格或与本科高校合并转型为应用型本科，可以扩大福建本科高等教育规模和质量。福建在加快海峡西岸经济区建设中，既需要应用型人才，也需要大批学术型人才。福建本科大学较少，无法满足福建学生提高学历层次的愿望，福建省《关于全面提高高等教育质量的实施意见》明确提出，福建将适度扩大本科教育规模，支持办学条件优良的高职院校升格为本科院校，希望到2015年全日制普通高等教育总规模分别达到78万人，高等教育毛入学率分别达到40%。因此，福建2000年以后升为本科的高校没必要全部转型，留一部分学校继续培养学术型人才，可以让2000年以后升为本科的高校和愿意升为应用性本科大学的国家级示范院校和骨干高职院校都参与应用型本科大学的评估，达到标准的就转型或升格为应用型本科大学，条件不合格的可以合并升格，或福建地方本科高校与高职合并转型为应用型本科。
纵观台湾职业教育发展的历史，上世纪60年代，台湾职业教育的最高层次是专科层次，上世纪70年代开始发展职业教育的本科，高级职业学校（相当于大陆中专）的学生可就读二专（相当于大陆的高职）再进入技术学院二技，获得本科文凭，也可跳过二专直接上科技大学。台湾职业教育发展至今，二专已经消失，台湾开始发展职业教育本科之后，渐渐地独立专科院校便消失了。闽台两地职业教育发展相似度较大。建议吸取台湾高校转型的经验，统筹考虑福建高等职业教育发展，让有条件的国家示范高职院校和国家骨干高职院校独立升格，或让高职与本科高校合并转为应用技术型本科高校。
