生物工程专业以生物和微生物代谢、生物合成产品的过程研究、开发、制造和工程设计为业务范围。毕业后能在保健品、制药等领域从事生产、产品技术研究开发、质量检测和企业管理等工作。生物工程专业为常州大学特色专业，成立于2002年，拥有生物化工和生物材料两个二级学科硕士点，在校本科生120多人，在校研究生50多人。
植物组织培养技术、有机化学、生物化学、化工原理、生化工程、微生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学、基因工程、有机化学、生物化学、化工原理、微生物学、生物反应工程、生物分离工程、发酵工程等。学生需要掌握生物技术及其产业化的科学原理等基础知识，掌握生物工程的相关法律法规。
常州大学生物工程专业共有3个科学研究团队和1个教学研究平台：生物催化与分离工程团队、生物医学与药物筛选团队、应用微生物与生物技术团队和燃料乙醇平台。考虑到医疗卫生服务的特殊性，常州大学制药与生命科学学院明确提出，不鼓励躯干或肢体残疾考生报考医学类专业，否则将无法完成学业。
生物工程专业以“全面推进素质教育，培养适应二十一世纪现代化建设需要的社会主义新人”为指导思想，培养具有生物工程专业的知识和能力，能在生物工程及相关领域从事生物类产品的生产、经营管理、工程技术改造和创新、以及新品研发等方面工作的应用型工程技术人才。同时注重学生的自然科学、社会科学、经济管理知识和人文素养的提高，使毕业生成为符合社会及行业发展需要的综合型人才。
生物工程专业适宜于医药、食品、环保、商检等部门中生物产品的技术开发、工程设计、生产管理及产品性能检测分析等工作及教学部门的研究与教学工作。本科生直接从事科研方面工作的可能性不大，部分毕业生转向其它行业，部分毕业生从事相关专业的下游技术工作。毕业直接在医药，食品等方向就业，工作内容一般较单调的技术工作，且需要进一步的经验积累和实践操作能力培养。
目的基因的获取途径
(1)可以从自然界中已有的物种中分离出来，如可从基因组文库或cDNA文库中获取。
(2)人工合成目的基因。
(3)利用PCR技术扩增目的基因。通过PCR技术对已获取的目的基因进行扩增，可获取大量目的基因。
