东南大学医学院于2004年新设立了生物工程专业，经过长期的建设，已经发展成为教学设施完善，实验条件齐备，师资配备合理的教学单位。
所谓生物工程，一般认为是以生物学(特别是其中的分子生物学、微生物学、遗传学、生物化学和细胞学)的理论和技术为基础，结合化工、机械、电子计算机等现代工程技术，充分运用分子生物学的最新成就，自觉地操纵遗传物质，定向地改造生物或其功能，短期内创造出具有超 远缘性状的新物种，再通过合适的生物反应器对这类“工程菌”或“工程细胞株”进行大规模的培养，以生产大量有用代谢产物或发挥它们独特生理功能一门新兴技术。
1、大类学科基础课：现代生物学导论、生物化学与分子生物学、微生物学、免疫生物学(全英文课程)、细胞生物学(全英文课程)、遗传学、生物信息学概论，发育生物学，病毒学进展、神经生物学等。
2、专业主干课：生物工艺学、生物加工与生物分离、生化分析原理与技术、生物制药、微生物代谢调控、疫苗工程、化工原理等。
1、体检标准按教育部、卫生部、中国残疾人联合会印发的《普通高等学校招生体检工作指导意见》和有关规定及我校按要求制订的补充规定执行。
2、生物工程专业招生要求：色盲、色弱以及任何一眼矫正到4.8，镜片度数大于800度者生物工程专业不予录取
3、新生入校后，按照国家和学校有关规定进行入学资格复查。复查不合格的学生，依据招生工作有关规定处理。
生物工程专业培养目标：生物工程专业系统了解现代生命科学知识，掌握较为广泛的生物科学基本知识和实验技术，具有一定的工程学基础，德智体等方面全面发展的创新型科学技术人才，能在理、工、农、医等生物工程相关领域从事应用研究、技术开发等工作，具备进一步深造和发展潜力的高级专门人才。
生物工程专业就业方向：毕业生适应的工作范围有：医疗卫生、药品生产、环境保护、新能源、农林牧渔等应用型单位以及科研院所、高等院校等研究型单位以及食品、环保、商检等部门中生物产品的技术开发、工程设计、生产管理及产品性能检测分析等工作及教学部门的研究与教学工作。
生物工程专业需要具备的知识技能：
1.具有较扎实的自然科学基础，较好的人文社会科学基础和外语语言综合能力;
2.掌握生物化学、化工原理、物理化学、化学工程、生化工程的基本知识理论;
3.掌握生物技术及其产业化的科学原理等基础知识;
4.掌握生物工程的相关法律法规;
5.掌握相关领域的知识;
6.掌握一门必要的外语能力，能够读一些外文。
